Die Düte ist nach der Hase das zweitgrößte Fließgewässer in Osnabrück und durchfließt das Stadtgebiet auf einer Länge von 13 km. Im Rahmen der Umsetzung der FFH-Richtlinie (Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie) wurde die Düte aufgrund des Vorkommens der Fischart Groppe (auch Mühlkoppe genannt) und des Kammmolches im Jahr 2004 in das europäische Schutzgebietssystem Natura 2000 aufgenommen.

An der Düte sind in den vergangenen Jahren schon umfangreiche Maßnahmen zur Revitalisierung durchgeführt worden, beispielsweise die ökologische Umgestaltung von Aueflächen im Rahmen einer Flurbereinigung.
Zur Wiederherstellung der ökologischen Längsdurchgängigkeit wurde in 2008 durch Umbau der Mühlenumflut am Gut Sutthausen die Barrierewirkung des Mühlenwehrs abgemildert. Durch die Beseitigung einer Sohlschwelle und Bau einer neuen Sohlgleite wurden hier die Vorausetzungen für eine optimierte Passierbarkeit der Umflut durch Fische und Kleinlebebewesen geschaffen. Der Umbau wurde vom Ing.-Büro Lothar Dütemeyer in Zusammenarbeit mit dem Büro für Gewässerökologie, Fischereiliche Studien und Landschaftsplanung – GFL geplant. Gefördert wurde die ca. 70.000 Euro teure Maßnahme zu zwei Drittel vom Land Niedersachsen.

Die in den nachfolgenden Jahren durchgeführte Erfolgskontrolle (GFL 2014) ergab, dass nach Durchführung der wasserbaulichen Umgestaltungsmaßnahmen über die 900 m lange Umflut alle typenspezifischen Fischarten einschließlich Bachneunaugen sowie alle in der Düte vertretenen Begleitfischarten ins Oberwasser der Sutthauser Mühle aufsteigen können. Das Verteilungsmuster der Fänge über die 17 elektrisch befischten Abschnitte der Umflut ergab während der Zeit der Funktionskontrolle bei Abflusswerten nicht unter dem Q140 für die lokal nachgewiesenen Arten und Größenklassen keinen Hinweis auf artspezifische oder größenklassenspezifische Barrierewirkungen innerhalb der Umflut.
Allerdings weist der Gutachter auch auf bestehende Mängel hin, die insgesamt zu einem nur mäßigen Prüfergebnis führen und daher in näherer Zukunft beseitigt werden sollen.

Eine zweite Maßnahme zur Wiederherstellung der ökologischen Längsdurchgängigkeit erfolgte in 2012 durch den ökologischen Umbau eines aus den 60er Jahren stammenden „Pfeiffenbrinksche Sohlabsturz“ im Stadtteil Atter. Hierzu war es notwendig, das ehemals zur Regulierung der Düte eingebaute Betonbauwerk durch eine mit Natursteinen modellierte, für Fische überwindbare Rampe zu ersetzen. Nach dem Umbau ist an dieser Stelle eine rauhe Sohlgleite entstanden. Die in 2014 ebenfalls vom Büro GFL durchgeführte Erfolgskontrolle weist die Funktionstüchtigkeit der Anlage nach.

Die Düte ist in Osnabrück durchgängig